前述したように、構造最適化（Optimization Structure）では、初期配座を基にした安定配座を求めます。この配座は立体エネルギーの極小値（local minimum)であり、最小値（Global Minimum）ではありません。物性に最も寄与するのは存在確率（Population）が最も高い最安定配座(global minimum)です。

原理的に構造最適化ではlocal minimumしか与えません。また得られる最適化構造は初期座標にも影響されます。
従って、最安定配座(global minimum)を求める為には、これに近い初期配座を用いる必要があります。
最安定配座を求める方法には大きく分けて。分子動力学法と初期配座発生法の二つに分けられます。